若文件系统中大部分文件采用链接或索引存储结构，那么经过一段时间的使用后，读写文件的速度会越来越慢，你认为造成这种现象的原因是什么？为恢复文件系统的吞吐能力，每隔一段时间就需要进行“磁盘整理”操作，请估计这个操作是如何进行的，并说明这样做的理由。