明崇祯十五年（1642年）荷兰军又北上进攻淡水，打败西班牙军，占领台湾北部。至此，西班牙军在台16年后不得不放弃台湾，他们在台所经营的天主教传教事业也随之停止。当时在台北的教徒，除因传染病领洗之数千名外，尚有4000余人。