某厂外排废水97、98、00、01年造成农田污染危害，环保部门接到举报后组织双方调解.最后达成由该厂赔偿农田3年损失15万的协议.但该厂以各种理由拒不执行，为此环保部门对该厂所造成环境污染危害处以2000元的罚款。法定时限内该厂既未申请复议也不起诉又不履行处罚决定，于是环保部门将罚款与赔偿一并向人民法院申请强制执行。请问这样做是否合法？