一建设单位系国有投资企业，经过招投标，1999年9月11日签订了一份施工合同，合同价款为500多万；2002年7月30日签订了一份补充协议，补充协议将原合同附件中所列的设备，单价、工期、违约责任均做了改变，是否有效？与原合同之间是什么关系？处理本案依据哪一份合同？