发包人收到竣工验收报告后（有书面确认手续）28天组织验收并于第14天提出验收未通过，要求承包人整改，承包人整改后，发包人始终以各种理由致使验收无法通过，并向承包人索赔因此造成的工期延误损失，请问承包人应该如何保护自己的合法权益？